魏晋南北朝时期，虽然谶纬仍以不同的形式在社会上流布，但已从东汉的盛极一时而走向衰颓，造成这种状况的原因主要有三。
其一，统治者的禁绝谶纬。统治者以图谶作为改朝换代的工具，然一经正位后，为防止他人也以谶纬行篡国之事，便禁止谶纬。晋武帝司马炎即位不久，便颁布了禁星气谶纬之学的诏令。前秦苻坚严禁图谶之学，尚书郎王佩读谶，苻坚杀之，前秦境内学谶者遂绝。后赵石季龙禁令不得私学星谶。南朝政权禅替，都以谶纬为据，然刘宋、萧梁都颁布诏令，禁止私藏谶纬。北魏拓跋氏对谶纬的禁令更为严厉，拓跋焘太平真君五年（444年）的诏令规定：“私养师巫，藏挟谶记、阴阳、图纬、方技之书”，均应送交官府，逾期不出，处以死刑[22]。孝文帝太和九年（485年）也颁布诏令，严厉指责谶纬之学“既非经国之典，徒为妖邪所凭。自今图谶、秘纬及名为《孔子闭房记》者，尽皆焚之，留者以大辟论”[23]。统治阶级对谶纬的禁绝、焚毁，使得谶纬之书大量丧失，谶纬之学也受到控制，难以盛行。
其二，玄学对谶纬的冲击。魏晋之际兴起的玄学，以对宇宙本体的探讨超越了两汉经学。玄学之士注重探求义理，他们以辨名析理的方法，互相论难，扩展和发展了一系列的哲学范畴。尽管魏晋玄学是一种唯心主义哲学，但已远非粗俗陋薄的谶纬符命可以相比。这样，当玄风日盛之时，人们就不再专注于谶纬，并对谶纬的荒谬进行批判。